Bad Säckingen liegt im Hochrheintal am Fuße des südlichen Schwarzwalds (Hotzenwald). Die Kernstadt und der Ortsteil Wallbach befinden sich im Naturraum Hochrheintal, die höher gelegenen Ortsteile Harpolingen und Rippolingen in der Übergangszone zum Schwarzwald. Aufgrund der topographisch beengten Lage im Rheintal direkt an der Landesgrenze zur Schweiz ist die Bevölkerungsdichte hoch (682 EW/km²).
Das Gebiet von Hoch- und Oberrhein gehört zu den wärmebegünstigten und von Klimawandel am stärksten betroffenen Regionen Deutschlands.
Eine Folge dessen ist z.B. der starke Rückgang der Fichte oder die Zunahme wärmeliebender Tier- und Pflanzenarten (Neobiota).
Bad Säckingen ist staatlich anerkannter Bäderkurort (seit 1978) und setzt seit Jahrzehnten auf eine ökologisch orientierte Stadtplanung; 2022 wurde Bad Säckingen als „Stadtgrün – naturnah“- Kommune ausgezeichnet.
